《洞洞杂货店》是一部奇幻冒险漫画，高中生陆野在放学路上发现了一家只有夜晚才开门的“洞洞杂货店”，店主是一位戴着面具的神秘青年。店里出售的货物都贴着“来自异界”的标签——会唱歌的贝壳、能短暂隐身的斗篷、让人梦见前世的花茶。陆野为了寻找失踪的妹妹，用一枚旧硬币换取了“寻人指南针”，从此被卷入连接不同世界的冒险。他在帮助店主处理异界顾客的烦恼时，逐渐发现妹妹的消失竟与杂货店的秘密息息相关，而每一次交易都是一次对人性的考验。
陆野跟随一只发光蝴蝶来到杂货店门口，面具店主递给他一杯热茶，说“你身上有另一个世界的气味”。
一名异界少女用回忆换走贝壳，陆野听后竟听到了一段和自己童年相似的旋律，隐约牵动记忆。
陆野披上隐身斗篷跟踪神秘人影，却发现自己无法触碰任何东西，直到他摘下斗篷才领悟到“存在”的意义。
店主泡了一壶花茶让陆野饮用，他在梦中看见妹妹站在一片迷雾中，喊着“哥哥，别来寻我”。
陆野发现那枚旧硬币其实是杂货店的钥匙，它可以打开通往异界的门，但每用一次都会加速店主力量的消逝。
店主在危机中摘下面具，露出一张与陆野几乎一模一样的脸，他低声说：“我是你丢失的另一个选择。”